Niezależnie od tego jaki rodzaj przedsiębiorstwa prowadzimy istnieje pewna wspólna część funkcji, których będziemy chcieli używać podczas księgowania. Jedną z podstawowych funkcji będzie z pewnością funkcja generowania faktury oraz możliwość jej wydruku (od nas zależy czy wydruk będzie przeprowadzony do pliku). Skoro będziemy generować faktury to i musi być dostępna funkcja zapisania wygenerowanej faktury w bazie danych tak aby później można było uzyskać do niej dostęp. Przydatna jest również możliwość wyeksportowania faktur do własnej bazy danych (przydatne w rożnych celach). Następnie skoro już mamy faktury automatycznie zapisywane w bazie serwisu online, z którego korzystamy niezbędna jest możliwość łatwego i precyzyjnego wyszukiwania konkretnej faktury oraz segregowania ich z określonym podziałem. Być może będziemy również korzystać z faktur okresowych? Jeśli tak warto sprawdzić czy nasze wirtualne biuro rachunkowe posiada taką opcję. Dokumenty generowane przez serwis musza być kolejno numerowane oraz zawierać odpowiednie rubryki dla każdego rodzaju dokumentu jak i również posiadać możliwość ręcznej edycji szablonu danego dokumentu oraz zapisania takiego szablonu oddzielnie. Z pewnością przydatna będzie również funkcja wystawiania faktur pro-forma lub faktur zaliczkowych i korygujących.
Gdy już będziemy posiadali sporo dokumentów w systemie to może zajść potrzeba przeniesienia części do innego systemu bądź też udostępnienia ich zatem istotna a nawet bardzo istotna jest funkcja eksportowania bazy danych oraz również importowania (np. format programu Excel bądź innego uniwersalnego formatu.